出生时间与五行关系
马年农历十月十一，按照农历推算，属于秋季，金元素相对旺盛。凌晨4点40分，此时属于寅时，根据五行与时间的对应关系，寅时属于木。此男孩的出生时间在五行中以木为主。
五行分析
1. 出生年份的五行：根据五行纳音表，马年属火，代表活跃、热情与进取。
2. 出生月份的五行：农历十月，根据农历五行理论，属水，代表智慧与流通。
3. 出生时辰的五行：寅时以木为主，代表生长与扩展。
综合分析
结合上述三个要素，该男孩命理中主要涉及的五行为火、水、木。但因未提及具体其他月日的具体五行动态及个人具体的运势命格等信息，故不能仅从生日这一角度明确确定缺何种五行。在实际运用中还需根据其完整的八字命盘来全面分析。
综合来看，马年农历十月十一凌晨4点40出生的男孩的五行中并没有明显的缺失。每个人的命运都是独特的，具体的五行缺失还需要结合其完整的八字命盘进行详细分析。建议家长在了解孩子命理时，寻求专业命理师的帮助，以获得更准确的指导。
注意事项
在了解孩子命理的过程中，家长应保持理性与客观的态度，不可盲目迷信。五行学说是中华文化的一部分，它可以帮助我们更好地理解人与自然的关系以及人的性格特点，但并不能决定一个人的命运。孩子的成长还受到教育、环境等多种因素的影响。家长应注重孩子的全面发展，为其提供一个良好的成长环境。