五行分析
根据出生时间，可以初步判断该男孩的五行属性。农历九月一般属于秋季，对应五行中的金。凌晨2点56分的时间，属于夜晚的阴时，而阴阳五行中水又与夜晚相联系。初步推测该男孩的五行属性中可能以金和水为主。
生辰八字分析
生辰八字的具体分析需要结合天干地支的组合来分析。具体到该男孩的八字，需要知道他的年柱信息才能完整推算。不过，一般而言，生辰八字的分析包括年柱、月柱、日柱和时柱的相互关系和影响。
缺什么元素
在五行中，相生相克的关系是复杂而微妙的。通过分析生辰八字中的五行分布，可以判断出该男孩可能缺失的元素。一般来说，如果某一五行属性在八字中偏弱或缺失，就可能意味着该男孩在性格或运势上会表现出相应的不足。
对于该男孩，如果其五行中金和水偏重，而火、木、土等元素相对不足，那么可能意味着他需要平衡这些元素。但这仅仅是一种推测，具体还需要结合完整的八字排盘进行详细分析。
建议与注意事项
根据五行学说，每个人的性格和运势都与五行元素的平衡与否密切相关。对于该男孩的家长来说，如果发现孩子性格或运势上存在某些不足，可以考虑通过调整居住环境、佩戴饰品、饮食调整等方式来平衡五行。但需要注意的是，这些方法应当基于专业命理师的分析和建议，而不是随意进行。
农历9月25日凌晨2点56分出生的男孩的五行属性和可能缺失的元素需要通过详细的排盘和计算来确定。家长在关心孩子的应当以科学和理性的态度对待命理学，结合孩子的实际情况进行合理的调整和培养。